Existence Komárova je potvrzena do Zemských desek již v roce 1349 jako vlastnictví pánů Ješka a Dětřicha. Je ale nesporné, že její založení bychom museli posunout o mnoho let zpátky. V záznamu o platbě mostného se objevuje roku 1362 pod názvem Kumarow. Další verze názvu, Komarow, se objevuje v roce 1384, kdy se obec stala součástí panství Podhradí (Pohořelice). Tehdejší pán, Mikš z Podhradí, byl zastáncem myšlenek Jana Husa a dokonce podepsal protest proti jeho upálení.

Společně s Podhradím měnil Komárov často své držitele. Ves byla stále prodávána, přecházela do dědictví a zástav. Bouřlivé 15. století s náboženskými válkami a poválečnou anarchií, zvůle okolních pánů bojujících za tu hned za onu stranu, vpády uherského krále Matyáše na Moravu, to vše vedlo takřka k úplnému zpustošení Komárova i vesnic v jeho okolí. Také dvě příští století přinesla jen další pohromy. Okolní osady jako Dalenovice, Pěnkov, Mordésky, Sedlišťky a Svojšice byly zničeny tak, že po nich nezbylo nic než pojmenování polních tratí a míst v okolí.

Roku 1699 zakoupil za 46 tisíc zlatých pohořelské panství tehdejší malenovický pán František Karel hrabě z Lichtenštejna, svobodný pán z Kastelkornu. Do 18. století vstoupil Komárov již jako součást Malenovického panství. Roku 1708 byla založena rejstra horenská komárovská, což byl registr vinic a jejich majitelů. Pěstování vína bylo v té době hlavním zdrojem obživy zdejších obyvatel. Velký význam vinohradnictví dokazuje i popis zvonu z roku 1712, na kterém byl vyobrazen obecní znak – vinný hrozen.

Za vlády císaře Josefa II. byla v obci založena škola. Jako první školní budova sloužila bednárna, kterou obec odkoupila za 600 zlatých. Jak asi probíhala výuka, si můžeme domyslet, neboť jedním z učitelů byl bývalý majitel této nemovitosti – bednář.

Na počátku 19. století změnil Komárov opět svého majitele. Roku 1804 odkoupil malenovické panství za částku 660 tisíc zlatých Leopold, hrabě ze Šternberka. Komárov zůstal v držení a správě Šternberků až do politických změn ve 20. století.

Ani v 19. století se Komárovu a jeho okolí nevyhnula vojska. Po bitvě u Slavkova, prošla krajem vojska francouzská a ruská. Roku 1836 vypukla v obci epidemie cholery, které podlehlo během jednoho měsíce 26 osob. O třicet let později se objevila cholera znovu, tentokrát nákazu přineslo pruské vojsko.

Kromě útrap spojených s průchodem vojsk trápily zdejší obyvatele časté požáry. K nejničivějším patří ten z roku 1882, při kterém lehla popelem celá náves čítající 27 domů. Neštěstí však mělo pozitivní vliv na rozvoj obce, protože se začalo uvažovat o založení hasičského sboru. Dne 18. listopadu 1885 byl přičiněním řídícího učitele Jana Křtitele Pulkrábka založen hasičský sbor.

V roce 1886 vypukl další požár, při kterém vyhořela stará školní budova. Na podobě Komárova se opět podepsal spíše pozitivně. Urychlila se totiž realizace nové školní budovy, která byla slavnostně otevřena už v září 1887. Budova školy, jejímž autorem je známý uherskohradišťský stavitel Josef Schaniak, stojí v obci dodnes a slouží jako mateřská škola.

V letech 1898 – 1900 byla do naší obce postavena silnice vedoucí z Napajedel.

O událostech ve 20. století toho lze napsat nejvíce. Kromě dvou světových válek se do historie Komárova zapsaly i jiné menší události. Jejich charakter je sice lokální, ale o to větší význam mají pro naši obec a její současnou podobu.

První velkou změnu přinesl hned rok 1901. Vlivem rozšíření škůdců, následné neúrody i nezájmu o obnovu zanikají vinohrady, po nichž dnes najdeme jen název na mapě. Za zánik vinohradů může také cukrová řepa. Napajedelský cukrovar ji tehdy vykupoval ve velkém a její pěstování bylo velmi výnosné.

V obci také panoval čilý stavební ruch. V roce 1908 byla postavena radnice s novým hasičským skladištěm. Také silniční síť se rozrostla. V letech 1909 – 1910 byla vybudována silnice z Komárova do Pohořelic. O rok později přibyla také silnice vedoucí do Podevsí.

Velká úroda švestek v roce 1912 přivedla několik zdejších rolníků k nápadu vystavět si vlastní pálenici pod lesem „Boří“. Ta po několika letech zanikla.

Do poklidného života na Komárova krutě zasáhla první světová válka. Z vesnice, která měla tehdy kolem 500 obyvatel, bylo povoláno 96 mužů. Na bojištích padlo 9 z nich, další 3 zemřeli ve vojenských nemocnicích. Válečných invalidů s rentou bylo v obci 14. Kromě toho se roku 1918 objevila v obci španělská chřipka a ze sta nakažených osob dvě zemřely.

Za první republiky Komárov vzkvétal. Mezi lety 1920-1934 se zvýšil počet domů z 85 na 113. Kvůli častým suchým obdobím si občané vykopali nové studny. Ani hasičský sbor nezahálel, vybudoval vodní nádrž a zakoupil novou motorovou stříkačku.

Obecní samospráva rovněž přispěla k rozvoji obce. Vyjednala vyšší částku za pronájem honitby. Zajistila zakoupení pozemků „Boří“ a „Hačiny“ od hraběte Šternberka za částku 53 tisíc Kč. Byl osázen obecní les a také pastviny byly osazeny novými ovocnými stromy.

Nejen přísná německá nařízení a přídělový systém, ale také výkyvy počasí podepisující se na zemědělských plodinách přinesly chudobu. Radostným momentem této těžké doby bylo dokončení stavby a vysvěcení kostela sv. Antonína Paduánského v červnu 1940. Při této příležitosti se konala velká slavnost, které se zúčastnily význačné osobnosti, například manželé Paříkovi z Napajedel. V roce 1943 byla vyhlášena totální mobilizace, což znamenalo nucený odchod mladých obyvatel za prací do Říše. Komárovská kronika také zmiňuje deportaci dvou romských rodin do sběrného tábora ve Starém Městě, odkud se již nikdo z nich nevrátil. Ke konci roku 1944 se objevují první zprávy o činnosti partyzánů, k nimž se přidávali lidé prchající z nucených prací. Gestapo v naší obci několikrát hledalo lidi uprchlé z prací i partyzány. Dne 13. dubna 1945 zatklo Gestapo Stanislava Babicu a dva ruské zajatce ukryté ve vinohradech. Za šest dnů přijelo Gestapo znovu se stejným cílem. Mezi zatčenými byl tentokrát Antonín Lisoněk. Konec války se blížil a 2. května 1945 v půl osmé ráno osvobodily ruské a rumunské oddíly naši obec. Radost z osvobození naší obce a země ale brzy vystřídal smutek. Dne 30. dubna na kopci Kalvárie nad Napajedly umučilo Gestapo pět lidí, mezi nimiž byli i dva naši občané. Pohřeb se konal 15. května za velké účasti zdejších i okolních obyvatel, pochováni byli do hrobu u kostela.

V roce 1946 se konala slavnost 60. výročí nové školní budovy. Při této příležitosti byla na školní budovu umístěna pamětní deska připomínající oba umučené mladíky. V témže roce se začalo jednat o elektrifikaci, která proběhla v prvním čtvrtletí následujícího roku. Celkový náklad činil 422 tisíc Kč, nepochybně by byl účet mnohem vyšší, kdyby se na výstavbě obětavě a bezplatně nepodíleli samotní občané. Mnoho dobrovolných prací bylo také odvedeno na stavbě obecních garáží pro autobusy ČSAD. V roce 1949 byl v obci postaven místní rozhlas, jeho výstavba byla financována sbírkou po vesnici a také z prodeje autobusových garáží.

V září roku 1952 vzniklo v obci Jednotné zemědělské družstvo, které mělo do konce listopadu roku 94 členů. Výměra orné půdy patřící pod JZD byla 231,25 ha, což odpovídalo celkové výměře orné půdy v katastru obce. V roce 1962 se z JZD stal Státní statek, v tomto roce byl také dobudován areál státního statku. Poskytl zaměstnání mnoha občanům až do roku 1994, kdy byl provoz na statku ukončen. Nyní je areál využíván pro chov pštrosů.

K větším stavbám patří také kulturní dům postavený svépomocí v roce 1959 s novou hasičskou zbrojnicí, jejíž stavba byla dokončena o rok později. Kulturní dům není pouze dějištěm většiny akcí v obci, ale také zde sídlí obecní úřad, místní knihovna a také pohostinství, které je po několika letech opět v provozu. V posledních letech jsou prostory kulturního domu postupně rekonstruovány.

Svépomocí vzniká také ve stejném období sportovní areál, fotbalové hřiště, využívané dodnes nejen k fotbalovým utkáním, ale i dalším sportovně-kulturním akcím. Další budovou, na jejíž stavbě se podílelo mnoho zdejších obyvatel, byla provozovna Spotřebního družstva Jednota. Od počátku 80. let bylo možné nakupovat potraviny přímo v obci. Dnes je budova v soukromém vlastnictví zdejšího stolařství.

V období od 60. let do poloviny 80. let minulého století došlo k tzv. stavební uzávěře, kdy byla regulována výstavba rodinných domů. To způsobilo velký úbytek obyvatelstva. Mladé rodiny nemohly stavět nové rodinné domy, a proto se ve velkém stěhují do měst a vesnic v okolí. Během let 1971–1976 se z obce odstěhovalo 94 osob, tedy téměř jedna pětina původního počtu obyvatel. V roce 1976 se Komárov stává součástí města Napajedla, ale od konce roku 1990 je opět samostatnou obcí.

Po sametové revoluci přichází mnoho změn, restituce, možnost soukromého podnikání, vznik občanských spolků. To vše se promítá do dění a současné podoby obce. S postupujícím časem však dochází i k nepříznivým změnám. Se zánikem statku mizí možnost zaměstnání pro značnou část obyvatel. Prodej potravin po zrušené prodejně Jednoty několik let zajišťují dvě malé prodejny místních občanů, které s nástupem supermarketů také končí. Také místní hostinec nemá v současné době provozovatele a je uzavřen.

Znovu se objevují nové domy. Od počátku 90. let do současnosti přibylo v obci 17 domů. Podle posledního sčítání lidu v roce 2021 žije v obci 315 obyvatel. S nově vzniklou provozovnou firmy Hypro získalo zaměstnání několik místních obyvatel.

V roce 1999 byl vybudován státní vodovod a od roku 2006 je obec plynofikovaná. Obecní majetek např. budova školy, chodníky a další, je opravován. Také díky dotacím dochází k zvelebování životního prostředí. Velkým a důležitým projektem, na kterém se obec podílí je obnova polních mezí. Výsadba nových stromů je důležitým protierozním opatřením a navrací krajině její historickou hodnotu.

Na všech těchto projektech se podílí také zájmové spolky – Sbor dobrovolných hasičů, Myslivecký spolek Pohořelice Komárov, TJ Sokol, SOK – Spolek občanů Komárova, Sbor včelařů a Spolek rybářů.